Vor Frue IF er organiseret som foreninger traditionelt er organiseret. Øverste myndighed er den årlige Generalforsamling, mens vedtægterne er det daglige regelsæt.

Generalforsamlingen vælger en bestyrelse, som har den overordnede opgave at sikre at vedtægterne overholdes. Derudover har foreningen gennem årerne udarbejdet en række supplerende materiale, som primært er tiltænkt udvalgene.

Udvalgene er dem som sikre at sportsgrene, og sociale aktiviteter, gennemføres.

Den af Generalforsamlingen valgte Bestyrelse har som primær opgave at omsætte Vedtægterne til praksis. Til at stå for det daglige arbejde, er der nedsat en række udvalg, og de overordnede forventninger er beskrevet her.